Az 1996-ra tervezett Világkiállítás lemondása után az Esztergom Budapesti Főegyházmegye úgy döntött, hogy felépíti azt az épületet, amely az Expo idején vatikáni pavilonként működött volna, és csak a későbbiekben kapott volna templomi funkciót. A telket a Magyar Állam képviseletében a Világkiállítás Programiroda adta ingyenes használatba. Paskai László bíboros, prímás, érsek 1995. május 29-én helyezte el a templom alapkövét, és 1996. augusztus 17-én ünnepélyesen felszentelte.
A templom és a plébánia épületegyüttese Török Ferenc Ybl- és Kossuth-díjas, valamint Balázs Mihály Ybl-díjas tervezők tervei alapján készült el. A generálkivitelező cég a pilisvörösvári Maco-Technik Kft. volt. Az építkezést Dr. Benedetti Tibor felügyelte. Az anyagi fedezetet a Főegyházmegye biztosította. A templomépítést a Vatikán jelképes adományán túl külföldi és hazai adakozók is táogatták.
A templom a Felsőlágymányosi hívek plébániatemploma lett, de helyzeténél fogva az egyetemi ifjúság lelki központja is kíván lenni. A Millecentenárium alkalmából méltó emléket akart állítani az ország szentéletű és boldog emlékű nagyjainak.
A kegyelet és az imádság helye ez az épület, mely példaként állítja elénk szentéletű magyarjainkat, akikhez buzgón szállhat fel az imádság és az ének, reményt és hitet adva a jelen és a jövő nemzedékének.
Köszönet azoknak, akik anyagi áldozatukkal és munkájukkal támogatták a templom felépítését!
2001. január 1-jével Paskai László bíboros, prímás, érsek a templomot plébániatemplom rangra emelte, és a plébánia nevét Magyar Szentek Plébániára változtatta.