A vár következő ura, II. Rákóczi Ferenc 1703-tól 8 éven át küzdött a Habsburg-ház ellen az általa vezetett szabadságharcban. A vár falai között tartották 1708-ban a kor egyik jelentős országgyűlését is.
A vár máig talán leglátványosabb épülete a szinte szabályos kocka hasáb formájú Vöröstorony. emeletről emeletre megidézi a 17-18. századi főúri életforma hétköznapjait és rendkívüli eseményeit. Megtudhatjuk, hogyan tárolták a gabonát, látható 22 méter mély, sziklába vésett kút, ahonnan a vizet nyerték. Beálhatunk őrségbe a lőréses körüljáróba vagy a „kerengőbe”, benézhetünk a Perényiek ebédlőpalotájába vagy a Rákócziak fogadótermébe. A kincstár helyiségét az 1800-as években kápolnává alakították, amelyet a város szülöttjének, Árpádházi Szent Erzsébetnek a tiszteletére szenteltek fel.
1642-ben a Vöröstornyot a palotaszárnnyal összekötötték, és így épült meg a Lorántffy loggia, Magyarország leggyönyörűbb reneszánsz lépcsőháza, amelynek névadója a vár nagyasszonya, Erdély fejedelemasszonya, Lórántffy Zsuzsanna. A loggia változatlan formájában áll mai napig.
A sárospataki várban ma a Magyar Nemzeti Múzeum Rákóczi Múzeuma működik. A Vöröstorony kiállítása a 16-17. századi főúri életmódot mutatja be, a palotaszárnyakban a Rákóczi család történetét ismerhetjük meg. A vár udvarán részlegesen rekonstruált ágyúöntő műhely Európa-szerte páratlan technikatörténeti látványosság.
