A dzsámi építtetője Evlija Cselebi 17. századi beszámolója szerint Malkocs bég, a kilisi (klisszai) szandzsákbég lehetett, valamikor 1543 és 1565 között. Siklós 1686. évi visszafoglalásakor még épségben állt a mecset, de az elkövetkezendő évszázadokban minaretje és előcsarnoka (szahn) elpusztult, az épület pedig többszöri átalakításon esett át. Török építészeti jellegét a piactér és fogadók szomszédságában álló alsóvárosi épület a 19. század derekára jórészt elveszítette. Ebből az időből ismert Rohbock Lajos metszete, amelyen a négyzet alaprajzú épületet sátortetővel fedett kupola koronázza, a nyolcszögű kupoladobot pedig egy-egy újabb kialakítású ablaknyílás törte át. A lakóházként használt épület a 19. század második felében további átalakításokon esett át, az eredeti ablaknyílások részben eltűntek, 1901-ben pedig – amikor több szomszédos házzal összeépítették – kupoláját és falainak egy részét is lebontották.
Az akkor a siklósi művelődési ház udvarán álló, gyakorlatilag elpusztultnak hitt dzsámi régészeti és műemléki feltárása 1969-ben indult meg Gerő Győző és Mendele Ferenc vezetésével. A műemléki helyreállításra az 1990-es évek első felében került sor, s bár a munkálatok csak 1994-re fejeződtek be, az épület 1993-ban elnyerte az Europa Nostra-díjat. A belső tér rekonstrukciójához nagy segítséget kaptak a szervezők az Ankarai Néprajzi Múzeumtól, amely korabeli szakrális tárgyakat bocsátott a siklósi dzsámi rendelkezésére. Napjainkban a helyreállított, rekonstruált belső terű épület belépőjegy ellenében látogatható, illetve a délszláv háború éveiben Siklóson és környékén letelepedett kisszámú iszlám közösség imahelye.
A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából